A existência de vida fora da Terra foi sempre considerada ponto pacífico pela maioria dos autores de FC. Em conseqüência desta aceitação tácita, a temática da inteligência extraterrestre é uma das mais importantes desse gênero, tanto na sua forma literária quanto cinematográfica.
Acostumada a lidar tanto com personagens que são a um só tempo humanos e extraterrestres, quanto com as inteligências extraterrestres não-humanas, a FC evitou a confusão entre ambos batizando esses últimos com termo "alienígenas".
O conceito do alienígena como criatura essencialmente diferente do ser humano é, contudo, relativamente recente, remontando ao final do século passado. Os habitantes de outros mundos encontrados pelos humanos nas histórias dos séculos XVII e XVIII não podem considerados alienígenas de fato. Tratavam-se de homens e mulheres, por vezes razoavelmente diferentes dos terrestres mas, ainda assim, desempenhando papéis bem estabelecidos. O padrão da vida terrestre era reproduzido com algumas variações e exageros, visando a defesa de uma utopia em particular, ou com o propósito de se tecer uma sátira social.
A emergência do conceito de um padrão de desenvolvimento fundamentalmente diferente do nosso e, portanto, de vida e inteligência genuinamente alienígenas, pode ser visto como conseqüência direta das noções de evolução e adaptação ao meio ambiente, propostas por Lamarck e, posteriormente, por Darwin.
A idéia da existência de seres alienígenas foi popularizada pelo astrônomo e escritor francês Camile Flamarion em vários trabalhos de não-ficção publicados na segunda metade do século XIX. Flamarion apresentou os alienígenas como seres basicamente pacíficos e bem intencionados. Mas esta visão humanista não persistiu por muito tempo.
O conceito evolucionista da sobrevivência do mais apto estreou na FC em 1898 com o romance A Guerra dos Mundos, de H.G. Wells. Ao imaginar os marcianos como invasores genocidas, Wells colocava os alienígenas como competidores dos seres humanos no sentido darwiniano, ou seja, inimigos naturais da humanidade. A temática do alienígena como invasor e conquistador da Terra tornou-se rapidamente um clichê. Outro padrão estabelecido nesse mesmo romance foi a caracterização do alienígena como o monstro do espaço. Três anos mais tarde, Wells estabelecia novos arquétipos para alienígenas com Os Primeiros Homens da Lua, a citar: a inserção do alienígena na sua própria sociedade e a descrição detalhada da mesma, e o modelo da cultura alienígena baseado no comportamento dos insetos sociais.
Na década de 1920, as histórias publicadas nas revistas americanas seguiam o modelo proposto por Edgar Rice Burroughs, que consistia em popular outros mundos com habitantes quase humanos, inclusive com mocinhas atraentes sempre prontas a se apaixonar pelo herói terrestre. Por questão de melodrama, essas raças humanóides se viam não raro sob a ameaça de monstros predadores hediondos. Com o advento das revistas especializadas em FC a partir de 1926, nota-se a fusão dos paradigmas de Wells e Burroughs. Foi uma época em que o gênero abusou dos invasores alienígenas monstruosos.
Naquelas primeiras histórias de FC, os poucos alienígenas benevolentes apresentavam características mamíferas ou aviformes, ao passo que os malignos se assemelhavam aos répteis, artrópodos ou moluscos (sobretudo polvos gigantes). Ocasionalmente, os autores daqueles primeiros tempos invertiam a situação e colocavam os humanos no papel de alienígenas invasores.
Esse antigo modelo Wells-Burroughs de representar alienígenas ora como monstros, ora como quase humanos, ou ainda como meras variações da fauna terrestre, sofreu uma ruptura profunda em 1934 com a publicação do conto Uma Odisséia Marciana, de Stanley G. Weinbaum, considerado até hoje como um dos marcos da FC moderna. Foi a primeira vez que os leitores do gênero entraram em contato com um alienígena inteligente perfeitamente inserido dentro da sua biosfera extraterrestre própria, admitida como tão detalhada e complexa quanto a de nosso mundo.
Outra barreira foi rompida em 1935, quando Clifford D. Simak sugeriu na noveleta The Creator que o nosso universo teria sido criado por um alienígena com poderes inimagináveis, trazendo as considerações religiosas e os mitos sobre a criação do universo para o âmbito da FC. Na época o tema foi considerado tabu e o trabalho só pôde ser publicado numa revista de segunda linha.
Contudo, os enredos do tipo "ameaça vinda do espaço" ainda predominaram até meados da Segunda Guerra Mundial, quando começaram a perder um pouco de seu apelo, embora jamais tenham corrido risco de esquecimento. Essa xenofobia caiu de moda nas histórias publicadas nas melhores revistas de FC americanas, embora os alienígenas monstruosos se mantivessem populares em publicações menos sofisticadas.
No cinema de FC, a temática do alienígena exibiu um desenvolvimento vigoroso, se bem que quase invariavelmente atrasado em relação à forma literária do gênero. As décadas de 1950 e 1960 foram dominadas pelos filmes-B de monstros espaciais, como O Monstro do Ártico (1951), O Homem do Planeta X (1951), Ameaça Vinda do Espaço (1953), Vampiros de Almas (1956), A Bolha Assassina (1958), Eu Casei com um Monstro do Espaço (1958), e muitos outros. As duas décadas seguintes presenciaram o lançamento de filmes onde os alienígenas foram apresentados como criaturas inocentes ou altruístas, uma tendência que culminou no clássico é ET - o Extraterrestre (1982).
Enquanto isso, na literatura de FC das décadas de 1930 e 1940, alguns autores continuavam criando monstros alienígenas cada vez mais medonhos e tenebrosos, cujo exemplo mais notável talvez tenha sido a criatura metamórfica da noveleta Who Goes There? (1938) de John W. Campbell, que mereceu duas versões cinematográficas, O Monstro do Ártico e Enigma de Outro Mundo (1982). Outros autores, no entanto, começaram a se preocupar com os problemas de comunicação decorrentes dos primeiros contatos entre humanos e alienígenas. Durante a Segunda Guerra, os contatos da humanidade com alienígenas foram não raro abordados como relacionamentos complexos, delicados e instáveis. Data dessa época o conto First Contact (1945) de Murray Leinster, onde duas naves, uma humana e outra alienígena, encontram-se no espaço interestelar. Nenhuma das tripulações se dispõe a divulgar qualquer informação importante, pelo temor de fornecer vantagens políticas ou estratégicas à outra espécie.
Na FC da Europa Oriental o alienígena assumiu um papel bastante distinto daquela ameaça espacial típica dos trabalhos publicados nas revistas anglo-saxãs. A contaminação ideológica na FC da antiga U.R.S.S. se torna patente na novela Cor Serpentis (1959) de Ivan Yefremov, escrito como uma resposta explícita ao First Contact, de Leinster. Para Yefremov, quando a cultura humana for capaz de construir naves interestelares, será por certo madura o suficiente para já ter há muito adotado o socialismo como forma de governo e sábia o bastante para deixar de lado a atitude militarista e desconfiada dos humanos de Leinster, assumindo-se, é claro, que os alienígenas, também socialistas, seriam igualmente maduros. O cepticismo dos autores ocidentais pode ser resumido na resposta bem humorada do autor americano Larry Niven, "A melhor maneira de encararmos um alienígena durante o primeiro contato é empunhando uma pistola desintegradora!"
Essas duas posturas díspares refletem, não obstante, a mesma preocupação. Os enredos das melhores histórias da década de 1950 assumiam que seria muito difícil decidir exatamente qual seria a atitude correta dos representantes humanos diante do primeiro contato com alienígenas. De qualquer modo, havia um certo consenso quanto à prioridade de se estabelecer relações cordiais de amizade com as culturas alienígenas. Caso contrário, um contato inicialmente pacífico poderia degenerar em conflito, como se vê no filme O Dia em que a Terra Parou (1951), de Robert Wise, inspirado no conto Adeus ao Mestre (1940) de Harry Bates.
As experiências literárias para criar alienígenas genuínos, ou seja, inteligências não-humanas plausíveis, tornaram-se mais sofisticadas na década de 1950, especialmente nos trabalhos de Hal Clement. Contudo, os escritores engajados na proposta de criar alienígenas verossímeis e adaptados a meio ambientes estranhos geralmente esbarravam na dificuldade de fundir essas especulações a enredos interessantes. É o que acontece até mesmo no melhor trabalho de Hal Clement, Mission of Gravity (1953), um dos romances prediletos dos amantes do gênero. A história se passa em Mesklin, um planeta de alta gravitação e velocidade rotacional extremamente elevada. Um mundo em formato de lentilha, habitado por alienígenas inteiramente não-humanóide que estão entre os mais interessantes já criados por um autor de FC. Abarcando a um só tempo as temáticas do primeiro contato e da exploração planetária, o enredo nos fala do esforço da tripulação de um navio alienígena contratado pelos humanos para resgatar o componente vital de uma sonda científica sinistrada em Mesklin. Os humanos não podiam executar a tarefa pessoalmente, pois a gravitação do planeta variava de 3g no Equador a 700g nos pólos.
Esta dificuldade de fundir alienígenas e habitats verossímeis a enredos interessantes foi um aspecto crônico da carreira de Clement, enfrentado igualmente por cultores mais recentes dessa tradição, como é o caso do astrofísico Robert L. Forward, autor de Dragon's Egg, um romance protagonizado pelos cheela, alienígenas amebóides de meio centímetro de diâmetro que habitariam a superfície de uma estrela de nêutrons, submetidos a uma gravitação superficial de 67 milhões de g, e a um habitat de condições tão extremas que as reações bioquímicas que possibilitam a vida teriam cedido lugar às interações bionucleares.
Muito mais efetivas em termos puramente literários do que essas histórias de enredo em geral fraco mas com alienígenas plausíveis em ambientes exóticos, são os trabalhos que procuram justapor os pontos de vista humano e alienígena a fim de estabelecer parábolas para criticar certas atitudes e valores. Desse modo, muitas histórias publicadas depois da Segunda Guerra empregaram o alienígena como agente de contraste capaz de expor e dramatizar as mazelas da humanidade. Assim, a temática do alienígena foi usada em pleno macarthismo para criticar o militarismo, o racismo, os preconceitos sexuais, a política colonialista e os crimes ecológicos.
Uma das sátiras mais profundas à vaidade e ao chauvinismo humano foi a realizada por Brian Aldiss em 1964 no romance Negros Anos-Luz, onde nossa espécie sequer é capaz de reconhecer a inteligência de uma cultura alienígena de não-humanóides capazes de construir inclusive naves interestelares.
Uma nova função de extrema relevância assumida pelo alienígena na FC das décadas de 1950 e 1960 foi sua conexão com a temática teológica, até então pouco presente nos enredos do gênero. A partir dessa época, no entanto, os alienígenas começam a tomar para si uma série de papéis transcendentais. São os anjos da guarda que conduzem a humanidade diante de uma seqüência de revelações apocalípticas no romance O Fim da Infância (1953) de Arthur C. Clarke. Essa função de anjos da guarda é enfatizada de forma irônica pela aparência demoníaca desses alienígenas. Na noveleta Father (1955) de Philip José Farmer, o alienígena encontrado por dois padres católicos num planeta distante possui poderes divinos, colocando os religiosos no dilema de decidir se ele é de fato o Criador. Clifford D. Simak propõe no romance Guerra no Tempo (Time and Again, 1951) que todas os seres vivos, inclusive os andróides, viveriam em simbiose com alienígenas imortais constituídos de energia pura, uma espécie de sucedâneo secular para a alma. Alienígenas desprovidos do conceito de Deus e, portanto, sem as noções do Bem e do Mal, são tomados por criações do demônio por um jesuíta no romance A Case of Conscience (1953) de James Blish. Já outros religiosos só conseguem atingir a redenção espiritual justamente através do contato com alienígenas, como no conto Os Ígneos Balões (1951) de Ray Bradbury. Por outro lado, em Sou um Povo Ciumento (1954) de Lester del Rey, é a humanidade que renega Deus, por este ter declarado que uma raça de alienígenas invasores seria o novo Povo Eleito.
No romance Os Manipuladores (The Puppet Masters, 1951), recentemente transformado em filme, Robert A. Heinlein propõe uma ameaça alienígena das mais insidiosas, sob a forma de parasitas racionais capazes de dominar as mentes humanas através do simples contato corporal, transformando homens e mulheres livres em escravos, numa clara alusão ao perigo do comunismo.
O mesmo Heinlein extrapolaria suas preocupações da época da Guerra Fria nas estrelas distantes no romance Soldado no Espaço (Starship Troopers, 1959), onde a humanidade trava uma guerra interestelar contra alienígenas insectóides cujos propósitos e motivações são indecifráveis. Uma década 
mais tarde, com a impopularidade crescente gerada pelo envolvimento americano nos conflitos do Sudeste Asiático, a apologia àquele militarismo heinleiniano, exacerbado e xenofóbico, geraria reações no âmbito ficcional. No romance The Forever War (1974) do veterano da Guerra do Vietnã Joe Haldeman, o conflito com alienígenas começa por acidente. Embora extremamente bem descrita, a guerra é vista como uma atividade sem propósito, fruto da ignorância dos hierarcas de ambos os lados, e a paz é finalmente estabelecida quando os dois povos conseguem chegar a um entendimento mútuo. Na noveleta Enemy Mine (1979), que mais tarde inspiraria o filme Inimigo Meu, o autor Barry Longyear vai mais longe ao propor que o entendimento entre as espécies humana e alienígena deveria passar necessariamente pela compreensão e o estabelecimento de vínculos de lealdade entre os indivíduos dos dois povos.
Não se pode dizer, no entanto, que a temática da guerra interespecífica esteja inteiramente morta, como atesta a popularidade do romance Invasão (Footfall, 1985) de Larry Niven e Jerry Pournelle, e do recente filme Independence Day. As invasões mais sutis, onde os alienígenas atuam às ocultas, bem no estilo The Puppet Masters, parecem ter ressurgido das cinzas para voltar às telas, quer sob a forma de seriados televisivos, como em Dark Skies ou no paranóico Arquivos X, quer no cinema, com o filme Invasão (Arrival), até recentemente em cartaz, onde o nosso mundo está sendo "desterraformizado" para se melhor adequar às necessidades de uma espécie alienígena.
Depois de ter gerado uma controvérsia séria no seio da comunidade científica comprometida com o esforço SETI, a célebre questão de Fermi, "Se não estamos sozinhos, onde estão os alienígenas?", produziu especulações ficcionais sob a forma de histórias que exibiram uma Via Láctea dominada por máquinas alienígenas. Na série de romances iniciada por Gregory Benford em Across the Sea of Suns (1984), essas máquinas inteligentes são apresentadas como predadores eficientes, decididos a extirpar a vida orgânica da espiral galáctica. Já no conto Lungfish (1986), David Brin, um astrofísico até certo ponto simpático à causa da SETI, fornece uma explicação a um só tempo divertida, convincente e prosaica à questão de Fermi.
Em épocas mais recentes, as histórias abordando a problemática advinda das diferenças biológicas e culturais entre humanos e alienígenas cresceram em número a ponto de constituírem per si numa subvertente da temática principal. Os enredos baseados nessa nova abordagem se tornaram mais ousados, à medida que o puritanismo editorial foi sendo gradativamente vencido nas décadas de 1950 e 1960, de modo a permitir uma exploração mais explícita de temas psicológicos e sexuais. O tabu do relacionamento sexual entre humanos e alienígenas foi demolido em 1952 por Philip José Farmer na noveleta The Lovers, mais tarde expandida no romance Os Amantes do Ano 3050, onde um lingüista humano, oriundo de uma teocracia repressiva, se enamora por uma criatura insectóide cujas formas exteriores são as de uma mulher muito bela.
A maior dificuldade enfrentada pelos autores de FC ao criar personagens alienígenas é aquela de tentar descrever algo que é estranho por excelência. Por isso, é relativamente comum encontrar alienígenas fisicamente bizarros e que, no entanto, são dotados de princípios e motivações tipicamente humanos, como é o caso dos mesklinitas de Hal Clement, ou dos cheela de Robert Forward. Alienígenas não antropomórficos e, ainda assim, antropocêntricos.
Alguns autores, contudo, tentaram apresentar os seus alienígenas como criaturas não apenas exóticas mas absolutamente incompreensíveis para o intelecto humano. Este é o caso dos romances Solaris (1961) de Stanislaw Lem e O Olho da Rainha (1982) de Philip Mann. Tais contatos ameaçariam a sanidade dos humanos, que é o que também ocorre durante as tentativas de comunicação com uma imensa nuvem de plasma interestelar inteligente, no romance A Nuvem Negra (1957), do astrônomo inglês Fred Hoyle. Mas na maioria dessas histórias o autor coloca como premissa básica a necessidade de se tentar estabelecer uma base intelectual comum que permita a comunicação. Neste sentido, a crença na universalidade do pensamento racional, e portanto na existência de uma similaridade fundamental entre todos os seres inteligentes, é evidente em muitos trabalhos de FC que têm no contato com alienígenas não-humanóides a sua temática básica. Esse é o caso, por exemplo, do aclamado O Despertar dos Deuses (1972), de Isaac Asimov.
O problema difícil da comunicação entre espécies mutuamente alienígenas, evitado nas histórias dos primeiros tempos através do emprego de telepatia e tradutores universais, ou simplesmente ignorado na má FC, passou a ser tratado com seriedade pelo gênero a partir da década de 1950. A dificuldade de se encontrar uma linguagem comum é confrontada por H. Beam Piper na novela Omnilíngua (1957), onde uma arqueóloga tenta encontrar um análogo da pedra de Roseta, para decifrar a escrita da civilização marciana, extinta milênios antes da chegada dos humanos ao planeta vermelho. Ela descobre essa linguagem comum nos nomes dos elementos químicos de uma tabela periódica. Com o tempo, essa idéia de empregar a ciência como base inicial de entendimento foi adotada pelos próprios astrônomos engajados no esforço SETI.
Esta crença na possibilidade de compreensão mútua se apresenta de modo ainda mais patente nas várias histórias nas quais o primeiro contato é estabelecido por meio de radiotelescópios. A significância desse contato remoto com uma cultura mais sábia é não raro assumida como transcendental. A temática do contato radiofônico sofreu uma evolução ao longo do tempo. Em trabalhos mais antigos, como nos romances Ameaça de Andrômeda (1962) de Fred Hoyle e John Elliot, e A Voz do Dono (1968) de Stanislaw Lem, predominou uma postura cética em relação aos benefícios práticos de tal contato. O cepticismo se transformou em otimismo controlado a partir da década de 1970, como se pode constatar em vários trabalhos, como por exemplo, Torre de Vidro (1970) de Robert Silverberg e Contato (1985) de Carl Sagan. Neste sentido, o filme recente Species, que adotou em sua essência uma abordagem bastante similar à do romance de Hoyle e Elliot, representou um retorno a temáticas já superadas pela forma literária do gênero.
Contudo, de uma maneira geral, sobre a temática do alienígena na FC pode se afirmar que o clichê do monstro espacial está sendo paulatinamente eclipsado pelos enredos que abordam o contato pacífico. Não obstante a exploração exaustiva do potencial melodramático das invasões alienígenas e das guerras interestelares, a ansiedade predominante da FC atual reside não na questão de Fermi em si, mas numa outra, tão ou mais significativa, a de saber seríamos ou não dignos de estabelecer uma comunhão mutuamente proveitosa com culturas alienígenas mais antigas e mais sábias que a humanidade.
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